Este departamento tem a função de avaliar a poluição ambiental com recurso à abordagens moleculares.

Para tal, o departamento através da sua abordagem molecular intervém no:
1. Rastreio de contaminantes emergentes microbianos na água (Metais pesados, Disruptores endócrinos, Pesticidas, Patógenos, Toxinas e Resistência anti-microbiana)
2. Qualidade Higiênico-Sanitária e Segurança de alimentos
- Detecção de OGMS em alimentos
- Rastreio de contaminação microbiana em alimentos
- Identificação de fraudes em produtos alimentares